Kirkens historieI 1913 byggede AKB den første af sine røde karréer. Indbyggertallet var derfor endnu ikke ret stort, da der i slutningen af første verdenskrig blev rejst en barakkirke på den nuværende Mozarts Plads. Det var en annekskirke til Jesuskirken i Valby og kirken kom til at hedde Frederiksholm Kirke.
Frederiksholm sogn blev oprettet i 1922. Dette afstedkom den nye grund i Louis Pios Gade. Der måtte nye tegninger til, og man stilede atter mod et højt mål: et stort kirkeskib, et menighedshus og et tårn med spir. Man byggede man først menighedshuset, og menighedssalen blev indviet til kirke.
September 1951 bevilgedes fuldførelsen af Frederiksholm Kirke. Fuldførelsen blev dog ikke som oprindelig tænkt, for der blev ikke bygget noget kirkeskib, og der kom heller ikke spir på tårnet. Derimod blev kirkesalen forlænget med 8 meter og gjort lysere og venligere, og kirken kunne indvies den 31. august 1952 – 25 år efter byggeriets start.
I dag er bygningerne stadig de samme, men der er naturligvis sket fornyelser. I kirkesalen er kommet nye kirkebænke i massiv eg, og gulvet er blevet afhøvlet og dermed gjort lysere. Desuden er der kommet et smukt Håndvævet kortæppe oppe foran alteret. Døbefonten stammer helt tilbage fra 1918, hvor Frederiksholm Teglværk skænkede den til kirken.
Frederiksholm kirkes orgel
. 
Hovedparten af orglet er bygget af Frederiksborg Orgelbyggeri i 1968, men fik fornyet 3 registre og blev desuden omintoneret af Poul-Gerhard Andersens Orgelbyggeri i 1992.
En stor del af mekanikken blev fornyet af P.G Andersen & Bruhn i 1996.
Orglet har 16 registre (stemmer) fordelt med 6 i hovedværket, 6 i svelleværket (brystværket) og 4 i pedalet. Instrumentet indeholder mere end 850 orgelpiber.
Den klanglige disposition gør orglet til et barokorgel.
* Alle 4 registertyper er repræsenteret:
Principaler - med en bærende, syngende klang.
Fløjteregistre - hvis klang kan sammenlignes med klangen fra blokfløjter og tværfløjter.
Aliquot-registre - som er en slags klangkrydderi - en glitrende top på klangen.
Rørblads-registre - hvis klang kan sammenlignes med klangen på en obo eller fagot.
Frit gengivet efter artikel i Frederiksholm kirkes årsskrift 1995-96 af Lillian Pedersen